Bull y CNAG, juntos en la investigación genómica
La infraestructura del CNAG posee 2,7 petabytes de almacenamiento de datos y más de 1200 núcleos de computación, lo que ayuda a aceleran el procesamiento de los datos obtenidos de los secuenciadores.
La genómica es actualmente una de las áreas de investigación que reclama mayor capacidad de cálculo, y el uso de la supercomputación le está permitiendo avanzar a un ritmo inimaginable hace unos años, un campo donde el Centro Nacional de Análisis Genómico de Barcelona es una de las principales referencias en Europa. La implementación de la medicina de precisión a corto plazo será aunado por el uso de la supercomputación en este tipo de investigaciones.
En ellas se gestionan enormes cantidades de datos que necesitan gran capacidad de cálculo y de almacenamiento, una demanda a la que da respuesta la supercomputación biomédica, haciendo posible el avance de la secuenciación masiva, al eliminar los cuellos de botella que se producen en el análisis de los datos resultantes de la secuenciación, y permiten almacenar esta información de manera eficiente.
“La magnitud del desafío genómico no puede abordarse con el cálculo tradicional. La solución tampoco pasa por aumentar el número de secuenciadores. La clave está en lograr el equilibrio entre secuenciación y supercomputación”, ha explicado Ivo G. Gut, director del CNAG.
Creado en 2009, el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) de Barcelona lleva adelante proyectos a gran escala en la secuenciación y análisis de ADN, garantizando la competitividad de nuestro país en el área estratégica de la genómica. Su equipo de bioinformática se apoya en una infraestructura de computación extrema, basada en tecnología de Bull.
Desde el primer día, la capacidad de secuenciación del centro ha ido ligada a una arquitectura de supercomputación potente y escalable. Para conseguirlo Bull trabajó en estrecha colaboración con el CNAG en el diseño e implementación de una infraestructura singular que optimiza computación, almacenamiento y comunicaciones, creando así un entorno flexible que permite aumentar la capacidad de análisis de manera sencilla.
Debido a la falta de procedimientos estándar en el procesamiento de genoma y para permitir el re-análisis futuro de la información, el CNAG almacena la salida de cada paso en el procesamiento de los datos. Actualmente, el centro es un importante contribuyente en tres grandes iniciativas internacionales: el Consorcio internacional del Genoma del Cáncer (ICGC), el Consorcio Internacional de Investigación de Enfermedades Raras (IRDiRC) y el Consorcio Internacional de Epigenoma Humano (IHEC).
El descenso en los costes de secuenciación está haciendo posible su incorporación al entorno hospitalario.
“La implementación completa de la genómica en los sistemas sanitarios pasa por la resolución de ciertos desafíos científicos y tecnológicos. Son estos últimos a los que Bull trata de dar solución a través de sus capacidades en computación extrema”, ha indicado Natalia Jiménez, PhD consultora de salud y ciencias de la vida de Bull.
